一个常见的误解是有机农业意味着接受害虫造成的损失。事实上，有机系统基于多层预防策略，其中喷洒任何制剂只是当前面的层数不足时的最后手段。
第一层：通过制度设计预防
选择因地制宜、抗病品种，合理安排种植季节，避开主要病虫害发生高峰，实行轮作，缩短土壤害虫生命周期，保持合理种植间距，保持树冠畅通。最严重的害虫问题可以通过作物规划得到缓解。
第二层：鼓励天敌
如果瓢虫、寄生黄蜂、蜘蛛、鸟类和许多其他物种的栖息地得到维护，它们可以提供天然的害虫控制。沿着田地边缘种植花条、维护灌木篱笆、限制土壤扰动和避免使用杀死天敌的广谱产品，都是培育这种生物控制力量的方法。
第三层：监控和行动阈值
有机农民经常定期走访田地，设置陷阱来监测和记录害虫密度。只有当密度超过可能造成经济损失的阈值时才应进行干预。按固定时间表而不是基于观察来喷洒房间，不符合有机原则。
第四层：允许采取直接措施
- 手工捕捉、粘虫捕捉器、信息素捕捉器、昆虫网。
- 饲养并释放天敌以补充。
- 生物制品和一些天然来源的活性成分已列入允许的标准清单中。
所有用于害虫处理的材料在使用前必须根据认证标准进行有效性测试，并必须记录在现场日记中。
接受一定程度的伤害
有机系统的目的不是消灭害虫，而是将其控制在有害阈值以下。还需要少量害虫种群来维持天敌的食物来源。将心态从“破坏”转变为“平衡”是熟悉有机农业最重要的一步。
